1962年，正值台湾白色恐怖时期，当时中国国民党领导的蒋中正政府以防止共产主义渗透等理由颁布台湾省戒严令，路上举目皆是反共标语，国民党政府亦鼓励人民告密检举匪谍，并严禁私自结党。同时为了管制言论思想，中华民国政府将许多书籍列为禁书，禁书类别甚广且认定标准不一，例如诺贝尔文学奖得主诗人泰戈尔的《飘鸟集》[注 1]即是其一。但在这样的高压环境下，仍有许多人在台湾各个角落暗中举办读书会，追寻自由。 暴风肆虐的夜晚，翠华中学三年级的学生方芮欣从昏暗的教室中惊醒，在寻找张明晖老师的途中，偶遇了二年级的学弟魏仲廷。两人并肩走到校门口，却惊讶地发现溪水猛涨。无奈之下，他们只得返回校园，继续寻找张老师。然而，校园内空无一人，每一间校舍上都贴满了台湾省政府发布的查封令，以及台湾丧葬习俗中的“忌中”示丧纸。随着事态的愈发诡异，他们心中渐渐涌起一股不安，并逐渐回想起那些曾经发生在校园里的悲剧。 翠华中学的美术教师张明晖，同时担任辅导教师，于校内储藏室创设了一处读书会。该会汇聚了音乐教师殷翠涵及学生魏仲廷等成员。另一方面，方芮欣因家庭矛盾，学业成绩遭受影响。殷翠涵遂将她引荐给张明晖，期望他能帮助方芮欣摆脱困境。然而，在深入的心理辅导过程中，方芮欣与张明晖竟意外萌生了师生情愫。张明晖更是亲手制作了一条白鹿项链，赠予了方芮欣。 在某个清晨，方芮欣的母亲李妙子心生疑虑，怀疑丈夫方道勤有了外遇，然而这却招致了家暴的后果，李妙子情绪失控，不断念诵佛号，并向菩萨祈愿，希望方道勤能离她而去。方芮欣抵达学校后，先前在《校史》中对历任校长肖像进行涂鸦的事件，被负责维护秩序并兼管校园思想工作的军训教官白国锋得知。白教官希望方芮欣不要给即将晋升的父亲带来麻烦，并表示若有任何问题，均可向她寻求帮助。在升旗典礼的朝会上，因涉嫌“颠覆国家”罪，教师黄又新被中华民国宪兵当众带走，引发了校园内的骚动，同时也促使白教官对校内所有教师展开了调查。当夜，方芮欣与张明晖在校园外私会，她将琴键绘制在纸上，教他弹奏《雨夜花》。回到家后，方芮欣发现父亲已被宪兵队逮捕，父亲要求她通知白教官，在他离开后，方芮欣方才得知，父亲的被捕正是源于母亲的举报。 “国家会感谢你。” 台湾警备总司令部派遣人员至校园，张明晖及其余读书会成员无一幸免，皆遭拘捕。其中，部分成员惨遭处决，另有少数因酷刑折磨而丧命，甚至那位仅因借出储藏室钥匙给读书会的工友亦未能幸免于难，亦被残忍虐杀。张明晖在行刑之际，向魏仲廷叮嘱务必生存下去，铭记这一切来之不易，因为自由终将到来。随后，张明晖因叛乱罪名被枪决，魏仲廷遵从其遗言，招供以保自身性命；方芮欣则因内心愧疚难当，于礼堂舞台上自缢，以此死向那些冤魂谢罪。起初，魏仲廷与方芮欣所在的翠华中学仿佛置身于阴森的地府，四周充斥着阴间的鬼魅。实际上，他们是以灵魂的形式被困于这个空间。方芮欣恢复记忆，揭露事实真相后，决心拯救被阴间鬼魂掳走的魏仲廷，助其重返阳间，以期让在阳间监狱中奄奄一息的魏仲廷重获生机。 岁月流转，魏仲廷因解严之故重获自由，走出囚笼。他勇敢地战胜了内心的恐惧，前往张明晖的墓前祭奠，随后“重返校园”。在即将被拆除的翠华中学，他将张明晖留下的遗书以及定情信物——白鹿项链，交托给了方芮欣的灵魂，并向她承诺，他将永远铭记方芮欣。